緑色の↓(下矢印)のついたアイコンのファイルがコンパイル対象となる。
※右クリックでAlwaysCompileにチェックが入ってる
mxmlとかasファイルとかに指定する。

変更するときは、変更したいファイルを右クリックしてAlwaysCompileにチェック。
(さっきまでチェックされてたファイルのアイコンから緑下矢印が消える)