すげー悩んだのでメモ。
親SWF(parent.swf)で、ドキュメントクラス Main.asを設定して、外部swfを読む処理はこんな感じ

//ドキュメントクラス
package {
		import flash.display.Loader;
		import flash.net.URLRequest;
		import flash.display.LoaderInfo;
		import flash.events.Event;
		import flash.display.MovieClip;
		
	//親ファイルのドキュメントクラス
	public class Main extends MovieClip {
		var loader:Loader
		private var loaderRoot:Object;

		public function Main() {
			loader= new Loader();
			loader.contentLoaderInfo.addEventListener(Event.COMPLETE,xComplete);
			var urlReq:URLRequest = new URLRequest("test.swf");
			loader.load(urlReq);
		}
		public function xComplete(e:Event):void {
			addChild(loader);
		}
	}
}

子swf(test.swf)はこんな感じで、動的に何かを表示させてみる。
(ステージには他にシェイプとか文字とかおいておく。)

package  {
//ドキュメントクラス
	import flash.display.MovieClip;
	import flash.display.Sprite;
	import  flash.text.TextField;
	import flash.events.MouseEvent;

	public class Main extends Sprite {
		public function Main() {
			var sp:Sprite = new Sprite()
			sp.graphics.beginFill(0xFFCC00);
			sp.graphics.drawRect(0, 0, 100, 100);
			sp.graphics.endFill();
			addChild(sp);
		}
	}
}

一見平気そうにみえるけど、これでparent.swfを開くとtest.swfで定義した四角が表示されてない・・・
test.swf単体で開けば四角は表示されるのに、parent.swfを開くと表示されない。
Flash上で、ステージにおいたものは表示されているので、swfを読み込めてないわけではない。

なんだこりゃー!!!!!と思ったら・・・

読み込み側のswfのドキュメントクラス名と、読み込まれる側のドキュメントクラス名が同じだとまずいようす。
(今回は両方とも、Main.asとなっている)
というわけで、どちらかを変えてあげればOK。
子swf側を変えるのであればこんな感じ。

package  {
//MainからTestMainに変更
	import flash.display.MovieClip;
	import flash.display.Sprite;
	import  flash.text.TextField;
	import flash.events.MouseEvent;

	public class TestMain extends Sprite {
		public function TestMain() {
			var sp:Sprite = new Sprite()
			sp.graphics.beginFill(0xFFCC00);
			sp.graphics.drawRect(0, 0, 100, 100);
			sp.graphics.endFill();
			addChild(sp);
		}
	}
}

もちろんflaファイルの設定も変えなきゃね。

ちなみに、ドキュメントクラス名が一緒の状態で、子swf側でステージ上のインスタンス名を取得しようと以下のようなエラーがでました。

//ステージに_mcというインスタンス名のMCがある状態で。
package  {
	import flash.display.MovieClip;
	import flash.display.Sprite;
	import  flash.text.TextField;
	import flash.events.MouseEvent;

	public class Main extends Sprite {
		public function Main() {
			
			var sp:Sprite = new Sprite()
			sp.graphics.beginFill(0xFFCC00);
			sp.graphics.drawRect(0, 0, 100, 100);
			sp.graphics.endFill();
			addChild(sp);
             //これはエラーになる。
			var mc:MovieClip = MovieClip(this.getChildByName("_mc"));
		}
	}
}

ReferenceError: Error #1056: Main のプロパティ _mc を作成できません。
at flash.display::Sprite/constructChildren()
at flash.display::Sprite()
at flash.display::MovieClip()
at Main()