どういうことかというと。
メインのタイムラインにMC3というムービークリップ
ＭＣ3の中にはMC2があり、
MC2の中にはMC1があるという状態。

つまりステージからMC3をクリックしまくって、MC1に達したときの階層がこんな感じになってる状態。
シーン1→MC3→MC2→MC1

この状態で、
メインのタイムライムラインに
trace(“main”);
MC1のタイムラインに
trace(“1″);
MC2のタイムラインに
trace(“2″);
MC3のタイムラインに
trace(“3″);

これでプレビューすると出力結果は、
main
3
2
1

ステージに近い方から実行されていくというのはなんとなく予想通り。

ここで、各MCにクラスファイルをリンケージしてみる。
（全て1フレーム目に書き出しの設定）
MC1にはTest1.as
MC2にはTest2.as
MC3にはTest3.as
それぞれクラス名をトレースするだけの内容が書いてある。

例）Test1.as


package  {
	import flash.display.MovieClip;

	public class Test1 extends MovieClip{

		public function Test1() {
			trace("Test1");
		}
	}
}

この状態で実行するこうなりました。
Test1
Test2
Test3
main
3
2
1

入れ子の一番深いリンケージクラスファイルが一番初めに実行、どんどん上に上がっていって、リンケージしたクラスファイルが終わったら、フレームアクションをステージ側から実行していって、一番深いところを目指す。

予想と違ったのでなんか驚いた。