ちょっとハマったのでメモしときます。
Windows版での話です。(mac版は持ってないのでわかりません。。)

FlashCS5で作ったAIR用(AIR2.0)flaファイルをFlashCS6で開いてムービープレビューしようとするとどうなるか。

何もおきません。
エラーもでません。
SWFのウィンドウも表示されません。
もう一度いいます、何もおきません。
パソコン再起動してもムービープレビューできません。

仕方ないのでCS6では保存せずにCS5で開いてムービープレビューしてみます。

何もおきません。
エラーもでません。
SWFのウィンドウも表示されません。
もう一度いいます、何もおきません。

なにこれ、ばかなの、死ぬの、という言葉が頭を巡りました。

んで結論からいうと[ファイル名-app.xml]に不具合が起きていました。

通常app.xmlはIDE側で各パラメーターを設定すればそれがapp.xmlに反映されるものなので中をみなくてもいいものだったりします。

まずはCS5で作ったflaファイルをCS6で開こうとすると

こんなアラートがでて、ターゲットがAIR3.2 for Desktopに変更されます。

でそれに伴いapp.xmlの2行目のairsdkのバージョンの項目も3.2に修正されます。

<!-- hoge-app.xmlの2行目 -->
<application xmlns="http://ns.adobe.com/air/application/3.2">

親切ですね！

でもムービープレビューできません。
なぜでしょうか？

それはAIR2.0からAIR2.5へ変わる際に1箇所app.xmlの仕様が変更になったからです。
具体的にはapp.xmlの4行目。

<!-- AIR2.0以下での4行目 -->
<version>1.0</version>
<!-- AIR2.5以上での4行目 -->
<versionNumber>1.0</versionNumber>

varsion要素がversionNumber要素に変わったようです。
ここの変更はFlashCS6は自動で直してくれません。

不親切ですね！

というわけでxmlのここの部分を修正してあげるとFlashCS6でムービープレビューができるようになります。

さてもう一点、
CS6で開いたflaファイルを保存せずに閉じて、CS5で開き直したらムービープレビューできなくなってしまう件。

これもxml2行目の部分が原因です。
先ほどCS6で開いた時点で、sdkバージョンの項目が3.2に書き換えられました。
でもCS5で開きなおしたときにはとくに何のアラートも表示されません。
パブリッシュ設定上はAIR2.0設定になってるんですが、app.xmlをみてみると2行目は3.2のままです。
どうやらCS5では自動で修正してくれないようです。

不親切ですね！

というわけで一度CS6で開いてしまうとxml2行目が書き換わってしまうので手動で修正してあげましょう。
あと4行目のversion,versionNumbber要素の部分も当然CS5は自動で書き直してはくれないのでversionに戻しておきましょう。

まとめ。
中途半端な親切はかえって迷惑。